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Madame Facture

Meilleur logiciel de facturation pour TPE et PME (2026) : Pennylane, Axonaut, Sellsy, Qonto, Sage

Multi-utilisateurs, workflows, relances, intégration comptable, plateforme agréée : comparatif des logiciels de facturation et de gestion pour les entreprises de 2 à 250 personnes.

Par Julie DuvalPublié le 5 août 2026Mis à jour le 6 septembre 2026 3 min de lecture

À partir de deux ou trois personnes, la facturation cesse d'être un document pour devenir un processus : qui fait le devis, qui valide, qui relance, comment les pièces arrivent chez l'expert-comptable. Le logiciel doit donc faire circuler l'information autant que produire des factures.

Les critères d'une TPE/PME

  1. Multi-utilisateurs et rôles : commercial, admin, dirigeant, comptable, avec des droits distincts.
  2. Chaîne devis → commande → facture → encaissement, avec relances automatiques et suivi des retards.
  3. Achats et notes de frais pour préparer la compta.
  4. Intégration comptable (export FEC, connexion cabinet) et bancaire.
  5. Plateforme agréée immatriculée pour la facture électronique et l'e-reporting.
  6. Reporting : CA, marge, trésorerie prévisionnelle.
Logiciels de facturation pour TPE et PME
Solution
Pennylane
Gratuit (micro) / 7 € HT/mois
Axonaut
dès 38 € HT/mois
Sellsy
dès 29 € HT/utilisateur/mois
Qonto
9 € HT/mois
Note
4,5/5
4,3/5
4,2/5
4,6/5
Facture électroniqueAgrééeAgrééeAgrééeAgréée
Relances autoOuiOuiOui—
CRM—Ouiavancé—
Compte proOptionnelOui—IBAN FR
Multi-utilisateurs——Oui—
EssaiOffre gratuite15 jours d'essai gratuitEssai gratuit1 mois d'essai gratuit
OffreVoir l'offre (nouvelle fenêtre)Voir l'offre (nouvelle fenêtre)Voir l'offre (nouvelle fenêtre)Voir l'offre (nouvelle fenêtre)

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Pennylane : la gestion financière partagée avec le cabinet

Facturation, achats, notes de frais, trésorerie, comptabilité, dans une plateforme utilisée par plus de 4 000 cabinets. Workflows de validation, multi-entités, intégrations e-commerce et bancaires, plateforme agréée certifiée. Starter 7 €, Basique 14 €, Essentiel 24 €, Premium 79 € HT/mois, 15 jours d'essai. C'est le choix par défaut d'une société qui veut un outil commun avec son expert-comptable.

Axonaut : le tout-en-un français des TPE

CRM, devis, factures, relances, dépenses, trésorerie, stocks, projets, RH, ticketing, compte pro avec IBAN : tout est inclus, sans module payant. Plateforme agréée immatriculée. Le tarif dépend de l'engagement (de 38 à 97 € HT/mois pour un utilisateur, 29,99 € par utilisateur supplémentaire), 15 jours d'essai. Idéal pour une TPE de 2 à 15 personnes qui veut remplacer quatre outils par un seul.

Sellsy : CRM et facturation pour les équipes commerciales

Pipeline de vente, automatisations marketing, devis, factures, trésorerie. Plateforme agréée (« TeamSystem Sellsy »). Tarification par utilisateur (dès 29 € HT/mois) avec engagement annuel. Le bon choix quand la force de vente est au centre.

Qonto : la facturation dans le compte pro

Devis et factures illimités, plateforme agréée incluse, cartes d'équipe, sous-comptes, synchronisation comptable ; Essential à 49 €, Business à 109 €, Enterprise à 199 € HT/mois pour les équipes. Vous gardez Pennylane ou votre cabinet pour la compta, Qonto pour la banque et la facturation.

Sage, Cegid, EBP : les historiques

Pour une PME déjà équipée, la continuité est souvent le meilleur choix : Sage et Cegid sont plateformes agréées, EBP passe par Shine. Les tarifs sont sur devis, avec engagement. Ne changez que si l'outil actuel ne suivra pas la réforme.

Evoliz : le commerce avec stock

Bons de commande, bons de livraison, stock, certification NF 203 et NF 525, plateforme agréée via Chaintrust ; 29 ou 49 € HT/mois. Pour une TPE qui vend des produits.

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Préparer la facture électronique en PME

  • Réception depuis le 1er septembre 2026 : votre SIREN doit être dans l'annuaire, via une plateforme agréée.
  • Émission et e-reporting au 1er septembre 2027 (moins de 250 salariés et moins de 50 M€ de CA).
  • Nouvelles mentions : SIREN client, adresse de livraison, nature de l'opération, option débits.
  • Circuit de validation des factures fournisseurs : c'est le vrai gain, plus de saisie.

Le guide complet de la réforme et choisir sa plateforme agréée détaillent la démarche.

Le verdict de Madame Facture
Pennylane
4,5/5

Pennylane pour la majorité des TPE et PME : c'est l'outil qui aligne dirigeant, équipe et expert-comptable sur les mêmes données, avec la facture électronique intégrée. Axonaut si le CRM est prioritaire et que vous n'avez pas de cabinet partenaire Pennylane. Qonto en complément pour le compte pro.

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Questions fréquentes

Quel logiciel de facturation pour une TPE de 5 personnes ?
Pennylane si vous travaillez avec un expert-comptable, Axonaut si vous voulez CRM et facturation dans le même outil, Qonto si le compte pro doit centraliser la facturation.
Faut-il un ERP ?
Pas en dessous de 20 personnes en général. Les suites TPE (Pennylane, Axonaut, Sellsy) couvrent devis, factures, achats, trésorerie et CRM sans la complexité d'un ERP.
Comment gérer la facture électronique dans une PME ?
Choisissez un outil qui est plateforme agréée (Pennylane, Qonto, Axonaut, Sellsy, Sage, Cegid) ou connectez votre ERP à une plateforme agréée. Une seule plateforme par SIREN suffit.
Julie Duval
Écrit par
Julie Duval
Fondatrice de Madame Facture, formation en comptabilité

Comptable de formation, Julie a passé des années à dépanner ses amis indépendants perdus dans la facturation. Madame Facture est né de là : rendre ces sujets simples et abordables, et sélectionner les meilleures offres pour chaque besoin, en vidéo et par écrit.

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